大口黑鲈IGF-I基因内含子1、3和4序列多态性研究 Polymorohisms of intron 1,3 and 4 of insulin-like gr

排行榜 收藏 打印 发给朋友 举报 来源: 《上海海洋大学学报》 发布者:cjk3d
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大口黑鲈IGF-I基因内含子1、3和4序列多态性研究

Polymorohisms of intron 1,3 and 4 of insulin-like growth factor I gene in largemouth bass

根据大口黑鲈IGF-I基因的cDNA序列设计引物,克隆IGF-I基因内含子核苷酸序列,采用PCR产物直接测序方法,在中国养殖群体和美国野生群体中筛选IGF-I基因内含子上的多态位点.应用RFLP、CRS-RFLP和SSCP技术建立多态位点的检测方法,同时比较分析其中4个多态位点在两个群体中基因频率分布.结果表明:(1)IGF-I基因内含子1、3和4序列长分别为1 317 bp、712 bp和1 941 bp;(2)在3个内含子上共发现7个多态位点,其中在内含子1的208和1070位为G-A突变;内含子3的第40个碱基为一个 "A" 的插入-缺失突变,第307位为C-T突变,683位是G-A突变;内含子4上的696碱基处有一个20 bp的插入-缺失突变,在1 563位为G-A突变,表明大口黑鲈IGF-I基因序列上存在较多的SNPs;(3)内含子1上SNP G1070A的A等位基因能为Hind III限制性内切酶识别,采用RFLP技术分型.根据内含子1上SNP G208A侧翼序列,设计错配引物,使错配碱基和A等位基因共同形成Taq I酶切位点,建立CRS-RFLP检测方法.内含子4上SNP G1563A采用SSCP检测方法,同时对内含子4上的插入-缺失突变进行PAGE电泳分型.试验结果显示,RFLP、CRS-RFLP和SSCP三种SNP检测方法简单易行,适于在水产动物SNP标记研究中推广应用;(4)在中国养殖群体中,只有内含子1上的SNP G1070A具有多态性,其它3个多态位点只在美国野生群体中存在多态,证实中国养殖群体的遗传多样性相对较低.

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作 者: 李小慧 白俊杰 叶星 胡隐昌 LI Xiao-hui BAI Jun-jie YE Xing HU Yin-chang  
作者单位:中国水产科学研究院珠江水产研究所,中国水产科学研究院热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室,广东,广州,510380 
刊 名:上海海洋大学学报 
英文刊名:JOURNAL OF SHANGHAI OCEAN UNIVERSITY 
年,卷(期):2009 18(1) 
分类号:S917 
关键词:大口黑鲈   胰岛素样生长因子-I   基因   内含子   多态性  
机标关键词:大口黑鲈IGF-I基因内含子序列多态性多态位点检测方法缺失突变养殖群体RFLPSNP野生群体等位基因中国限制性内切酶碱基基因频率分布插入SSCP遗传多样性核苷酸序列 
基金项目:广东省自然科学基金,国家科技支撑项目,国家科技基础条件平台资助项目 
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